Jean-Luc Bailly, virologue sentinelle

Enseignant-chercheur au LMGE[1], Jean-Luc Bailly s’est spécialisé au fil des années dans la surveillance virologique des eaux usées, qui vise à suivre la circulation de virus émergents et à prévenir les épidémies.

L’air est glacial en cette après-midi de novembre, le vent s’est levé. Il faudra bien pourtant, mettre le nez dehors : Jean-Luc Bailly m’a invitée à l’accompagner pour une expédition peu commune près de l’aéroport d’Aulnat, dans les lagunes de l’ancienne sucrière Bourdon.

À l’origine, ces grandes étendues d’eau servaient à laver les betteraves à sucre. On n’en saura pas bien plus. Qu’importe, ce qui intéresse notre homme, ce n’est pas l’histoire des lagunes, mais les eaux qu’elles stockent, qui ont été traitées par la station d’épuration adjacente et servent à irriguer, entre mai et septembre, 750 hectares de grandes cultures en Limagne noire. Jean-Luc Bailly est virologue. À première vue, on ne voit pas bien le rapport entre l’agriculture et la virologie. C’est une longue histoire, qu’il accepte de nous compter entre deux rafales de vent, tandis que ses collègues s’affairent autour du zodiac qui doit les emmener sur les lagunes, où ils ont prévu d’effectuer quelques prélèvements.

Virus en eaux troubles

L’intérêt de Jean-Luc Bailly pour les eaux usées – c’est d’abord aux eaux brutes avant traitement qu’il s’est intéressé – remonte à la pandémie de Covid. Un peu avant en vérité, mais cet intérêt s’est accentué, urgence oblige, pendant cette période si particulière. C’est qu’il s’agissait de suivre (et d’anticiper) la circulation du virus Sars-Cov-2 dans la population. Or quoi de plus simple que d’aller surveiller le contenu viral des eaux usées de Clermont qui arrivent à la station d’épuration, reflet de tout le bassin de population ? Quand il est infecté, l’humain rejette en effet le virus dans ses selles (et pour d’autres virus, dans les urines également). A l’aide de techniques appropriées (PCR[2] quantitative), il est donc possible de le détecter et de le quantifier. À l’époque, l’expertise du LMGE est mise à profit dans le cadre du projet Obépine (OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées [3]). « C’était de la surveillance opérationnelle, mettre au point des techniques très rapidement, se souvient le virologue. Il n’y avait aucune structure en France pour faire ça. Ça a duré jusqu’en 2022. Ensuite, une autre structure, Sum’eau[4], a pris le relai de la surveillance des eaux usées pour le coronavirus en France ».

Au loin, Clément, Jérôme et Claude s’équipent, avant de monter dans le bateau pneumatique et d’y charger plusieurs bidons vides, destinés à recueillir les eaux et les boues qui seront prélevés dans les lagunes. Il est prévu de recueillir des échantillons dans deux d’entre elles : la première en sortie de station et la dernière, à partir de laquelle part l’eau en direction des champs.

Avant la pandémie, Jean-Luc Bailly s’intéressait déjà aux eaux usées. Mais il étudiait alors un autre groupe de virus, les entérovirus, responsables de plusieurs pathologies potentiellement graves, comme la poliomyélite[5]. Comme ces entérovirus se multiplient dans les intestins, on les retrouve logiquement dans ces effluents. « Ils restent un sujet de préoccupation important », souligne le virologue. « Quand il y a des cas de polyo, encore actuellement, on fait des recherches dans les eaux usées pour savoir jusqu’à quel point le virus circule dans la population. » Cette surveillance permet aussi de suivre l’efficacité d’une campagne de vaccination : la circulation du virus chute-t-elle ?

Surveiller, anticiper

Le projet Obépine se poursuit donc au LMGE, rebaptisé Obépine +, « pour tout un tas d’autres virus que le corona, afin d’explorer toutes les questions que l’on se pose à propos des virus dans les eaux usées. Sont-ils encore actifs ? À quel point leurs composants se dégradent-ils ? Ce projet est dédié à tous les virus émergents qui seraient susceptibles d’être recherchés dans les eaux usées, pour anticiper une possible épidémie. » Que se passerait-il si on se retrouvait face à un virus inconnu, comme ce fut le cas il y a six ans ? « Dans les années qui viennent, il est prévu de faire une sorte d’essai blanc national d’une situation pandémique fictive, pour savoir si on est prêt, ou à quel point on ne l’est pas. »

Tout de même, on ne comprend toujours pas bien le rapport avec l’agriculture. D’autant que les prélèvements réalisés en ce jour humide de novembre ne concernent pas des eaux usées brutes, mais des eaux qui ont été traitées par la station d’épuration et qui sont destinées à irriguer des champs cultivés. Le « lagunage » en principe, via notamment l’exposition aux rayons UV qui les débarrassent des germes et parasites, assure leur bonne qualité. Eh bien c’est précisément à cette qualité que s’intéressent aujourd’hui Jean-Luc Bailly et le chimiste Claude Forano[6] : ils souhaitent explorer l’anthropisation des eaux de lagune, qui doivent satisfaire un certain nombre de critères pour pourvoir être réutilisées en agriculture. Ce qui suppose d’analyser leur composition en microorganismes et polluants chimiques de toutes sortes. L’occasion aussi d’interroger les procédés de traitement mis en œuvre par la station. « L’association d’agriculteurs, l’ASA Limagne noire[7], est vraiment à l’écoute depuis toujours des projets de recherche. Ils sont pionniers, tient à saluer Jean-Luc Bailly. Ce qu’ont fait ces agriculteurs depuis les années 1990, mettre en place tout ce système, c’est épatant. Certes ils n’avaient pas le choix, les nappes phréatiques ce n’était pas possible, l’Allier était trop loin… il fallait trouver une autre solution. Mais quand même, je leur tire mon chapeau. »

D’une culture à l’autre

Comment un virologue en vient à s’intéresser à des questions agricoles ? Un peu par hasard, suggère-t-il. Ou pas tout à fait. Bourbonnais, originaire d’une bourgade rurale au nord de Moulins, lui-même est fils d’agriculteurs. « C’était une petite exploitation, avec un peu d’élevage et un peu de culture. Par rapport aux grandes exploitations de la Limagne, c’était plus artisanal ! sourit l’enseignant-chercheur. Quand les agriculteurs me disent leurs difficultés, à travers les épisodes de sécheresse, je l’ai vécu, je suis sensibilisé à ça ».

Rien, à première vue, ne semblait le prédestiner aux sciences naturelles. Adolescent, il était « plutôt un littéraire », pas spécialement attiré par les disciplines scientifiques. Au collège et jusqu’en terminale, à Moulins, il apprend le grec et le latin, transporté par un professeur singulier, « un gros nounours avec une énorme barbe » qui le marquera durablement. « Il nous a enseigné le grec dès la cinquième, ce qui était totalement inhabituel, et j’ai été emballé. Il avait une personnalité emblématique. » La psychologie aussi, l’attire.

À l’issue du baccalauréat pourtant, ce n’est pas cette voie que choisit d’emprunter Jean-Luc Bailly, qui se remémore un moment de bascule. « Je pense que les lettres, les sciences humaines, psychologiquement, ça devait être impensable pour moi, même si ça m’intéressait énormément, que je baignais là-dedans… On nous disait que c’étaient des voies de garage, qu’il ne fallait pas y aller… surtout venant d’un milieu d’agriculteurs, il devait y avoir une connotation… un décalage de culture trop fort. » Médecine ? Tout aussi inenvisageable : « Le contexte, le milieu social d’origine… Ça semblait trop inatteignable. La fac de bio semblait plus accessible. »

Ce sera donc la fac de bio, à Clermont-Ferrand. Non sans quelques résistances. « Mon père aurait souhaité que je reprenne l’exploitation, donc il a fallu lutter un peu contre ça… ça ne s’est pas passé de façon totalement fluide », confie-t-il à demi-mots. Il y reviendra pourtant, au monde agricole, par des chemins imprévus.

Une science très humaine

À la fac, le jeune homme développe bientôt un vif intérêt pour la virologie, jamais éteint depuis, nourri par les enseignements de Jean-Claude Bregliano, en génétique virale.

Il n’existe pas alors de laboratoire de virologie à Clermont Ferrand, mais coup de chance : le laboratoire d’hygiène hospitalière, au CHU[8], dépose un projet pour étudier la résistance des virus aux antiseptiques. Idéal pour un stage de DEA[9] : « C’est là que j’ai pu manipuler pour la première fois des virus, se souvient-il. C’était un projet très appliqué. » L’humain y est au centre. « J’entendais parler de patients tous les jours même si je n’étais pas directement à leur contact, tout le personnel qui m’entourait était du personnel hospitalier… Pour moi le monde de la santé est devenu une évidence. » L’étudiant poursuit en thèse dans le même laboratoire, faisant dévier ses recherches vers des aspects plus fondamentaux. « Une molécule, le glutaraldéhyde, était utilisée à l’époque pour nettoyer les endoscopes. Je me suis intéressé au fonctionnement de cette molécule. »

Son titre de docteur en poche, le jeune chercheur est recruté comme ingénieur à la fac de médecine, avant de devenir, quelques années plus tard, enseignant-chercheur à l’Université Blaise Pascal[10], rattaché au laboratoire de virologie médicale du CHU. « Un pur produit clermontois ! », résume-t-il, amusé. Il abandonne ses recherches sur les désinfectants et focalise ses travaux sur les entérovirus. « C’était le début du séquençage, de la détection par PCR… donc je me suis orienté vers la mise au point du séquençage du génome des entérovirus dans les prélèvements cliniques des patients. » En 2012, le laboratoire de virologie médicale devient Centre national de référence pour les entérovirus.

Recherche locale

Le virologue s’investit dans la société française de microbiologie, s’implique activement dans un réseau européen pour harmoniser la surveillance des maladies causées par les entérovirus, voyage beaucoup. « J’avais en tête depuis très longtemps de chercher à prolonger nos travaux à l’échelle de l’Europe, j’ai donc noué de nombreuses collaborations. » « Jean-Luc est un esprit curieux, ouvert, il va au fond des choses », salue Geneviève Giraud, une ancienne collaboratrice[11]. Peu avant « le covid », le virologue décide de faire une pause, pour se recentrer sur ses activités de recherche. La pandémie en décidera autrement. Et aujourd’hui ? Aujourd’hui, ses travaux sont plus locaux, centrés sur le territoire clermontois, en lien étroit avec le monde agricole. Un improbable retour aux sources.

Sur la berge, les trois hommes transis déchargent le fruit de leurs efforts, des bidons remplis d’eau et de boue visqueuse. A bord du bateau, la forte houle a rendu les prélèvements difficiles, il faudra penser à investir dans des encres, pour la prochaine fois.